第一卷 飛翔天際的月天使
神秘機甲少女們在日本造成了破壞性的打擊，當這十二名身帶羽翼的少女從發出紅黑色光芒的火炎當中振翼而飛之時，靜矢赫然發現六年前他所看見的那名少女露夏娜亦在其中，不可思議的邂逅，誘使靜矢一步步走向戰場。
第二卷 多國聯軍的侵略
一群身穿機械盔甲、突然出現在空中的少女們使日本陷入毀滅狀態。在這化為荒野的日本境內，靜矢獲邀進入了一座幾乎只有小孩子居住的神秘都市「BEGATOPIA」，不過卻因知悉重要機密的罪名而鋃鐺入獄。另一方面，身為機甲少女小隊首領的露夏娜，也為了處決遭到俘虜的部下修拉而動身前往BEGATOPIA。然而，與靜矢等人的再次碰面，卻使她那原本冷酷無情的內心，逐漸產生了變化……
第三卷 少年檸立於荒野
日本因遭到戰姬們的襲擊而陷入毀滅狀態，靜矢雖然抵達國內唯一完好如初的都市．「ＢＥＧＡＴＯＰＩＡ」，然而ＢＥＧＡＴＯＰＩＡ卻也在多國聯軍所發動的攻擊之下，徹底遭到破壞。為了尋得安居之地，靜矢重新踏上故鄉舊土，不過卻在因緣際會之下，與原為仇敵的露夏娜組成共同戰線。戰姬們的目的究竟為何？一切的謎團…都將獲得揭曉！